เอ็มเอช-53อี ซีดรากอนเป็นเฮลิคอปเตอร์ที่เกิดอุบัติเหตุบ่อยที่สุดของกองทัพเรือสหรัฐ ด้วยการตาย 27 รายตั้งแต่ปีพ.ศ. 2527-2551 มันถูกจัดเป็นระดับเอในเรื่องอุบัติเหตุ (สร้างความเสียหาย 1 ล้านดอลลาร์สหรัญหรือส่งผลให้มีผู้เสียชีวิต) โดยมีอัตราการเกิดอุบัติเหตุ 5.96 ต่อ 100,000 ชั่วโมงบิน ซึ่งมากกว่าเฮลิคอปเตอร์แบบอื่นของกองทัพเรือที่มีเพียง 2.26 เท่านั้น[16]

ในปีพ.ศ. 2539 ซีเอช-53อีเกิดตกในโรงงานซิคอร์สกี้ในแสตนฟอร์ด คนงาน 4 คนเสียชีวิต ส่งผลให้กองทัพเรือหยุดการใช้ซีเอช-53อีและเอ็มเอช-53อีทั้งหมด[17]

ในวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2543 ซีดรากอนตกลงในอ่าวเม็กซิโกสังหารลูกเรือไป 4 นาย มันถูกส่งกลับเข้าประจำการและทำการปรับปรุง[18]

ในปี 2548 คดีกล่าวหาก็เริ่มขึ้น โดยชี้ว่าตั้งแต่ปีพ.ศ. 2536 มีอุบัติเหตุจากการเกิดเพลิงไหม้หรือความร้อนอย่างน้อย 16 ครั้ง โดยเกี่ยวข้องกับเครื่องยนต์ที่สองของเฮลิคอปเตอร์ นอกจากนี้ยังกล่าวอีกว่ามันไม่ได้รับการแก้ไขและลูกเรือก็ไม่ถูกฝึกมาเพื่อการนี้เช่นกัน[17][19]

ในช่วงเช้าของวันที่ 26 มกราคม พ.ศ. 2548 ซีเอช-53อีลำหนึ่งพร้อมยาวิกโยธินสหรัฐอีก 30 นายและทหารแพทย์อีกหนึ่งนาย ตกลงในรุทบาห์ประเทศอิรัก ทำให้ทั้งหมด 31 นายเสียชีวิต[20][21] กล่าวกันว่าสาเหตุมาจากพายุทะเลทราย การตกครั้งนี้เป็นเหตุการร้ายแรงที่สุดที่เกิดขึ้นในหนึ่งวันในสงครามอิรัก (สำหรับอเมริกา)[22]

ในวันที่ 16 มกราคม พ.ศ. 2551 เอ็มเอช-53อีของกองทัพเรือตกขณะทำภารกิจซ้อมรบห่างไปประมาณ 4 ไมล์จากรัฐเท็กซัส ลูกเรือสามคนเสียชีวิตและอีหนึ่งถูกนำส่งโรงพยาบาล[23]